A seguito di controlli effettuati sugli APE inviati al SIAPE dal catasto regionale CENEDfvg, ENEA ha segnalato che in numerosi APE sono presenti delle incongruità che potrebbero avere effetti negativi sulle statistiche pubblicate a livello nazionale e ha chiesto di inserire alcuni controlli preventivi.
Pertanto nel Catasto CENEDfvg da novembre 2023 è attivo un sistema di verifica che mira a supportare i certificatori nel processo di deposito dell'APE, contribuendo nel contempo a ridurre il rischio di errori e migliorando la qualità complessiva delle statistiche nazionali e regionali.
Dal punto di vista operativo, dopo aver caricato il file xml, il certificatore visualizza una pagina con l'elenco degli errori bloccanti e degli avvertimenti ("warnings"). 
- Se sono presenti errori bloccanti, non si potrà proseguire con il deposito dell'APE.
- Se invece sono presenti avvertimenti o valori anomali (warning), il certificatore potrà decidere se proseguire con il deposito oppure se ricontrollare i calcoli. 
Nel caso il certificatore prosegua con il deposito, nel catasto verranno salvati gli avvertimenti che il certificato ha deciso di "superare" completando la procedura di deposito dell'APE.  Questi dati saranno visibili ai certificatori e agli amministratori del sistema, ma non ai cittadini, e nella lista degli APE apparirà un segnale rosso di avvertimento.
L'obiettivo di queste verifiche di congruità è quindi quello di garantire la correttezza e l'affidabilità dei dati sull'efficienza energetica degli edifici presenti nell'APE, contribuendo a fornire informazioni accurate per le politiche energetiche nazionali e regionali.